На фоне усиления интереса к отдыху в сельской местности обостряется ключевое противоречие современного российского туризма – стихийное развитие отдельных агротуристических объектов входит в диссонанс с отсутствием системного подхода к их интеграции в региональную туристско-рекреационную систему. Цель в рамках данного исследования – преодолеть фрагментарное видение проблемы и системно осмыслить организационные особенности инновационного развития сельского туризма, характеризующегося сложной структурой. В статье используются контент-анализ, сравнительно-территориальный анализ, системный, институциональный и экономико-статистический подходы. Автором обосновывается, что рассмотрение характеризуемого сегмента без участия цифровых инноваций ведет к потере синергетического эффекта и ограничивает его потенциал как «драйвера» роста экономики. Представленные материалы будут полезны научным сотрудникам, которые специализируются на региональной экономике, туризме и географии, представителям органов власти, ответственным за развитие сельских населенных пунктов, предпринимателям, планирующим или ведущим деятельность в сфере сельского туризма. Итогом становится вывод о необходимости перехода от децентрализованной модели развития сельского туризма к интегрированной. В качестве вклада в решение обозначенной проблемы предложен комплекс из трех практических рекомендаций: формирование региональных агротуристических комплексов, создание единой цифровой платформы для агрегации/продвижения услуг, внедрение гибкой и прозрачной схемы добровольной сертификации, адаптированной к специфике сельских территорий.